発酵醸造研究所

　発酵醸造に関する総合的な基盤研究と地域の課題を解決する橋渡し研究を推進し、これを国際的な課題や地球規模の課題の解決にも貢献する学際的先端研究として発展させることを目的として令和3年（2021年）4月1日に設置されました。令和4年4月1日に組織の拡充整備が完了し、令和8年度で設置6年目を迎えます。現在は、発酵醸造に関するゲノム基盤研究と、発酵食品製造における地域連携型の橋渡し研究を展開しています。

　The center was established on April 1, 2021, with the aim of promoting comprehensive basic research on fermentation and brewing, as well as bridge research to address regional challenges, and developing this into cutting-edge interdisciplinary research that contributes to solving international and global issues. The expansion and reorganization of the institute was completed on April 1, 2022, and it will mark its sixth year of operation in fiscal year 2026. Currently, the institute is conducting genome-based research on fermentation and brewing, as well as regionally collaborative bridge research in the production of fermented foods.

福島大学食農学類附属発酵醸造研究所
Fukushima University, Institute of Fermentation Sciences (IFeS), Faculty of Food and Agricultural Sciences

　発酵醸造研究所では、発酵醸造素材作物の生産から発酵微生物、発酵醸造食品とその機能までを包含する総合的な基盤研究を展開します。また、地域の農林水産業、食品関連産業に関連する課題解決型研究（ローカル）プロジェクトを産官学連携による橋渡し研究として推進します。さらにこれらの成果を国際的な課題、地球規模の課題の解決にも繋げる学際的先端（グローバル）研究として発展させることを目指します。
研究所にはフードチェーンに沿って『素材生産・環境部門、発酵醸造食品部門、食健康・社会実装部門』を、また部門横断的な位置付で大容量の情報・データを扱う『データ科学部門』が配置されています。また、発酵醸造の総合的・学際的な研究プロジェクトを推進するために、これら４研究部門を統括する『研究統括部門』を配置し、研究プロジェクト推進のための研究所の管理・運営を行います。

　The Institute for Fermentation Sciences conducts comprehensive basic research covering everything from the production of fermentation and brewing material crops to fermentation microorganisms, fermented and brewed foods, and their functions. In addition, the institute promotes problem-solving (local) research projects related to local agriculture, forestry, fisheries, and food-related industries as bridging research in collaboration with industry, government, and academia. Furthermore, we aim to develop the results of these projects into cutting-edge interdisciplinary (global) research that will lead to solutions to international and global issues.
The institute has three divisions along the food chain: "Materials Production and Environment," "Fermented and Brewed Foods," and "Food & Health and Social Application," as well as a "Data Science Division" that handles large volumes of information and data in a cross-divisional manner. In addition, in order to promote comprehensive and interdisciplinary research projects in fermentation and brewing, a "Research Management Division" has been established to oversee these four research divisions and to manage and operate the institute to promote research projects.

組織

福島大学農学群食農学類（Faculty of Food and Agricultural Sciences）
附属発酵醸造研究所（Institute of Fermentation Sciences：IFeS）

研究統括部門

プロジェクト研究を企画・リードし、学内外の連携組織との調整などの役割を担います。研究所全般の研究・事業の計画立案・進捗管理・評価を担当します。

素材生産・環境部門

発酵醸造の素材となる農作物の品種改良や栽培の基盤となる理論と技術開発、土壌・肥料発酵による生産環境改善・保全のための理論と技術開発などを担当します。

発酵醸造食品部門

発酵素材と発酵微生物による発酵醸造の理論構築と基盤技術の先端化、発酵素材および微生物の高機能化や発酵醸造食品の高付加価値化ための技術開発などを担当します。

食健康・社会実装部門

発酵醸造食品と生体・腸内細菌叢との栄養、健康機能的関係の理論構築、発酵醸造食品と食生活改善による健康労働寿命延伸、食農産業による地域活性化を担当します。

データ科学部門

素材生産・環境部門、発酵醸造食品部門、食健康・社会実装部門で得られる情報およびビッグデータの解析と解析技術開発を担当します。

Organization

Faculty of Food and Agricultural Sciences
Institute of Fermentation Sciences：IFeS

Research Management Division

Plans and leads project research and plays a role in coordinating with internal and external partner organizations. Responsible for planning, managing progress, and evaluating research and projects for the institute in general.

Material Production and Environment Division

Responsible for the development of theory and technology for the breeding and cultivation of agricultural crops used as materials for fermentation and brewing, and for the development of theory and technology for the improvement and conservation of the production environment through soil and fertilizer fermentation.

Fermented and Brewed Foods Division

This division is in charge of constructing theories and developing advanced basic technologies for fermentation and brewing using fermentation materials and fermentation microorganisms, and developing technologies to enhance the functionality of fermentation materials and microorganisms and to add value to fermented and brewed food products.

Food & Health, and Social Application Division

This is in charge of the theoretical development of nutritional and health functional relationships between fermented and brewed foods and biological and intestinal microbiota, extension of healthy working life expectancy through fermented and brewed foods and dietary improvement, and regional revitalization through food, agriculture, and industry.

Data Science Division

Responsible for analysis of information and big data obtained from the Material Production and Environment Division, the Fermented and Brewed Foods Division, and the Food Health and Social Implementation Division, as well as development of analytical technologies. This includes bioinformatics research, economic and management information, and research on the development of data processing technologies for social information.

メンバー（令和8年4月1日現在）

所長　　　　　島　純　教授

副所長　　　　藤井　力　教授、高橋秀和　教授

研究統括部門　松田　幹　特任教授、小山良太　教授

専任教員

戸田雅子＊　特任教授　
長谷耕二＊＊　特任教授
吉田英樹　特任講師
菅波眞央　特任講師
＊クロスアポイントメント　協定締結機関：東北大学（農学研究科）
＊＊兼業　本務機関：東京大学（医科学研究所）

兼務教員：食農学類所属教員

学外諮問委員

松岡　信　客員教授
森　仁志　客員教授

Members (as of April 1, 2026)

Director: Dr Jun Shima, Professor

Deputy Director: Dr Tsutomu Fujii, Professor Dr Hidekazu Takahashi, Professor

Research Management Division:

Dr Tsukasa Matsuda, Specially appointed professor
Dr Ryota Koyama, Professor

Regular Faculty:

Dr Masako Toda*, Professor
Dr Koji Hase** , Professor
Dr. Hideki Yoshida, Specially appointed lecturer
Dr. Mao Suganami, Specially appointed Lecturer
* Cross-Appointment Faculty, Graduate School of Agriculture, Tohoku University,
** Secondary employment, The University of Tokyo

Concurrent Faculty:

Faculty Member of the Department of Food and Agricultural Sciences

External Advisory Board Members:

Dr Makoto Matsuoka, Visiting Professor
Dr. Hitoshi Mori, Visiting Professor

プロジェクト研究課題

・イネゲノムを利用した酒造好適米の酒造適性形質の解析と利用技術開発プロジェクト
・ダイズゲノムを利用した発酵醸造好適性形質の解析と利用技術開発プロジェクト
・麹菌と発酵基質素材との物理的・生理的相互作用と麹機能との関連解析プロジェクト
・発酵醸造環境における微生物間の相互作用解析プロジェクト
・発酵醸造食品と腸内常在共生細菌および宿主との関連解析プロジェクト
・腸内発酵と宿主の代謝系および免疫系との関連解析プロジェクト
・オリジナルブランド酒造好適米／日本酒の地域連携開発プロジェクト

Project Research Proposals

・The project aims to analyze the rice genome for sake brewing aptitude traits and to develop technologies for their use in sake brewing.
・The project is to analyze the soybean genome for traits favorable for fermentation and brewing, and to develop technologies for their utilization.
・The project to analyze the relationship between physical and physiological interactions between koji molds and fermentation substrate materials and koji functions.
・The project on the analysis of interactions among microorganisms in fermentation and brewing environments.
・The project to analyze the relationship between fermented and brewed foods, commensal bacteria in the gut, and the host.
・Project to analyze the relationship between intestinal fermentation and the host's metabolic and immune systems
・The project is a regional collaboration to develop an original brand of sake and rice breed suitable for sake brewing.

学外諮問委員（令和７年４月１日現在）

研究所の研究企画に関してご意見やご助言をいただきます。
北野英己博士（名古屋大学名誉教授）
牧野　周博士（東北大学名誉教授）
前田裕一博士（元不二製油グループ本社最高技術責任者CTO）
吉田晋弥博士（元兵庫県立農林水産技術総合センター）
ルカ　ヨービネ博士（EMBOメンバー、ノーベル総会メンバー、カロリンスカ研究所医学部 教授）

External Advisory Board Members (as of April 1, 2025)

We welcome your opinions and advice on the Institute's research projects.
Dr. Hidemi Kitano (Professor Emeritus, Nagoya University)
Dr. Amane Makino (Professor Emeritus, Tohoku University)
Dr. Yuichi Maeda (Former Chief Technology Officer CTO, Fuji Oil Group Headquarters)
Dr. Shinya Yoshida (Former Hyogo Prefectural Agriculture, Forestry and Fisheries Technology Center)
Prof Dr Luca Jovine (Member of EMBO and the Nobel Assembly, Karolinska Institutet, Department of Medicine)

主な研究論文発表およびプレスリリース（Major Research paper publications and Press release）

2026

研究論文発表（Research Paper Published）

Shigetomi S, Fujimoto N, Hirano K, Matsuda T, Kato C, Nishimura N, Hino S. Interactions between dietary protein and vegetable fiber via the gut microbiota are associated with cecal fermentation profiles and immunoglobulin a responses in rats. J Nutr. 2026 Mar 11;156(5):101469. doi: 10.1016/j.tjnut.2026.101469. Epub ahead of print. PMID: 41825743.

Suganami M, Matsuoka M. Integrating root and shoot nitrogen responses. Science. 2026 Feb 26;391(6788):870-871. doi: 10.1126/science.aef5612. Epub 2026 Feb 26. PMID: 41747059.

Okawa T, Nagai M, Fujita S, Suzuki K, Nakata K, Miyajima R, Shiratori H, Komiyama S, Takahashi D, Kawamura YI, Dohi T, Ludewig B, Takubo K, Hase K. Identification and characterization of CXCL13 producers in bone tissue in response to fasting. Int Immunol. 2026 Jan 30:dxag005. doi: 10.1093/intimm/dxag005. Epub ahead of print. PMID: 41614233.

Komiyama S, Kodaira Y, Maeda R, Sugiura Y, Suzuki K, Saeki A, Kinashi Y, Oguchi H, Takano K, Onawa S, Matsui A, Sasaki E, Hattori-Muroi K, Kimura S, Fujimura Y, Ka Y, Ogura T, Hanaoka K, Ito M, Watarai H, Kaisho T, Udagawa N, Takahashi D, Hase K. M cell-dependent commensal uptake confers encephalitogenic phenotypes on γδT17 cells in Peyer's patches. Proc Natl Acad Sci U S A. 2026 Jan 13;123(2):e2506550123. doi: 10.1073/pnas.2506550123. Epub 2026 Jan 9. PMID: 41512014; PMCID: PMC12799176.

Kojima S, Matsuoka M. To grow or not to grow: NRT1.1B as a dual receptor for ABA and nitrate. J Integr Plant Biol. 2026 Jan;68(1):17-19. doi: 10.1111/jipb.70095. Epub 2025 Nov 18. PMID: 41253729; PMCID: PMC12782888.

プレスリリース（Press release）

酒米「山田錦」新品種開発　福島大研究チーム、寒さに強く倒れにくい
福島民友、Yahooニュース　2026年4月4日

2025

研究論文発表（Research Paper Published）

Yoshida H, Itoh H, Mori M, Koketsu E, Kawamura M, Nishio S, Mori H, Matsuoka M. Photoperiodic flowering regulators are required for nitrogen-dependent flowering delay in rice under long-day condition. Nat Commun. 2025 Oct 17;16(1):9231. doi: 10.1038/s41467-025-64299-w. PMID: 41107238; PMCID: PMC12534406.

Kono H, Nagaoka Y, Izutsu A, Kita S, Maenaka K, Nishio S, Hattori T, Yoshikawa Y, Michishita K, Usui T, Isono T, Ogata M. Thermoresponsive hydrogelation of N-acetyl chitohexaose: Gelation mechanism and application in controlled protein release. Carbohydr Polym. 2025 Oct 15;366:123897. doi: 10.1016/j.carbpol.2025.123897. Epub 2025 Jun 11. PMID: 40733822.

Yoshida H, Matsuoka M. The molecular structure of the master growth regulator in plants emerges into the spotlight. Proc Natl Acad Sci U S A. 2025 Sep 9;122(36):e2519807122. doi: 10.1073/pnas.2519807122. Epub 2025 Sep 2. PMID: 40892932; PMCID: PMC12435235.

Ando M, Kito I, Rachi T, Matsuda T, Oshima K. Formation of the intestinal microbiota during mouse weaning promotes maturation of the IgA repertoire after growth. Biosci Microbiota Food Health. 2025;44(4):261-271. doi: 10.12938/bmfh.2024-127. Epub 2025 May 7. PMID: 41050163; PMCID: PMC12490869.

Ishihara N, Kimura S, Hase K. [An Intestinal Metabolite Exacerbates Stress-induced Diarrhea]. Yakugaku Zasshi. 2025;145(8):667-672. Japanese. doi: 10.1248/yakushi.24-00190-2. PMID: 40754409.

Oya Y, Kimura S, Uemura M, Fujimura Y, Hase K. Tear duct M cells exacerbate allergic conjunctivitis by facilitating germinal-center reactions. Mucosal Immunol. 2025 Jun;18(3):549-561. doi: 10.1016/j.mucimm.2025.01.009. Epub 2025 Feb 1. PMID: 39900200.

Xu F, Yoshida H, Chu C, Matsuoka M, Sun J. Seed dormancy and germination in rice: Molecular regulatory mechanisms and breeding. Mol Plant. 2025 Jun 2;18(6):960-977. doi: 10.1016/j.molp.2025.05.010. Epub 2025 May 26. PMID: 40420480.

プレスリリース（Press release）

「おららのどぶろく　しろわせ甘口」などお披露目　福島県在来の古代米使用
2025年2月28日　福島民報
古代米「白早生」使用／福大と生産者連携　「どぶろく」「みそ」お披露目
郡山　あす、２日「まつり」で販売
2025年3月1日　福島民報
古代米「白早生」の「どぶろく」「みそ」　福大、地域、学生参加で実現
2025年3月2日　福島民友

2024

研究論文発表（Research Paper Published）

Kinashi Y, Tanaka K, Kimura S, Hirota M, Komiyama S, Shindo T, Hashiguchi A, Takahashi D, Shibata S, Karaki SI, Ohno H, Hase K. Intestinal epithelium dysfunctions cause IgA deposition in the kidney glomeruli of intestine-specific Ap1m2-deficient mice. EBioMedicine. 2024 Aug;106:105256. doi: 10.1016/j.ebiom.2024.105256. Epub 2024 Jul 25.

Kobayashi A, Suganami M, Yoshida H, Morinaka Y, Watanabe S, Machida Y, Chaya G, Nakaoka F, Sato N, Miura K, Matsuoka M. How have breeders adapted rice flowering to the growing region? J Integr Plant Biol. 2024 Dec;66(12):2736-2753. doi: 10.1111/jipb.13785. Epub 2024 Oct 25.

He C, Liu Y, Schülke S, Nishio S, Guo Y, Rainer H, Maren K, Cheng TY, Nochi T, Vieths S, Scheurer S, Matsuda T, Toda M. β-1,3-glucan, but not β-1,3/1,6-glucan, exacerbates experimental food allergy, while both increase IgA induction. Allergy. 2024 Feb;79(2):503-506. doi: 10.1111/all.15841. Epub 2023 Aug 11.

Suganami M, Yoshida H, Yoshida S, Kawamura M, Koketsu E, Matsuoka M, Kojima S. Redefining awn development in rice through the breeding history of Japanese awn reduction. Front Plant Sci. 2024 May 16;15:1370956. doi: 10.3389/fpls.2024.1370956. PMID: 38817942.

Suganami M, Kojima S, Yoshida H, Mori M, Kawamura M, Koketsu E and Matsuoka M Low mutation rate of spontaneous mutants enables detection of causative genes by comparing whole genome sequences. Front. Plant Sci. 15:1366413. April 04, 2024 doi: 10.3389/fpls.2024.1366413

藤井　力　「日本酒の多様化と新技術開発」、アグリバイオ：特集、多様な日本酒の開発の新展開、8(4) 6-7, 2024.03.20

吉田 晋弥、吉田 英樹、松岡 信　 「酒米を特徴づけるゲノム変異」、アグリバイオ：特集、多様な日本酒の開発の新展開、8(4) 13-17, 2024.03.20

プレスリリース（Press release）

福島県在来の古代米使用のみそ　完成　福島大と会津天宝醸造が連携
2024/12/12 11:09　福島民報電子版
古代米から「みそ製造」　福島大が商品化、来年３月に発売へ：甘口でうまみが強い「白早生」の米みそ
2024年12月12日 09時05分　福島民友新聞電子版
古代米復活白みそに　少し甘口、強いうま味好評
2025/01/14 05:00　読売新聞オンライン

腸内細菌...腎難病の原因、世界初解明　福島大、慶応大研究グループ
2024年08月06日 07時52分　福島民友新聞電子版
慶大・福島大・静岡県立大・理研、腸上皮バリアの破綻とIgA腎症との関連を新規マウスモデルで実証 2024年8月5日 15:05　日本経済新聞電子版

慶大と福島大、金水晶酒造と被災蔵の酒を新蔵の酒に受け継ぐ日本酒プロジェクトで連携
2024年5月22日 17:01　日本経済新聞電子版

2023

菅波 眞央, 高橋 秀和, 二瓶 直登, 吉田 英樹, 小島 創一, 渡辺 正夫, 松田 幹, 松岡 信, 日本ダイズ品種で構成されたGWAS集団の構築, 東北作物研究 (66) 41-42 2023年12月

Yoshida H, Okada S, Wang F, Shiota S, Mori M, Kawamura M, Zhao X, Wang Y, Nishigaki N, Kobayashi A, Miura K, Yoshida S, Ikegami M, Ito A, Huang LT, Caroline Hsing YI, Yamagata Y, Morinaka Y, Yamasaki M, Kotake T, Yamamoto E, Sun J, Hirano K, Matsuoka M.
Integrated genome-wide differentiation and association analyses identify causal genes underlying breeding-selected grain quality traits in japonica rice. Mol Plant. 2023 Sep 4;16(9):1460-1477. doi: 10.1016/j.molp.2023.09.02.

Suganami M, Kojima S, Wang F, Yoshida H, Miura K, Morinaka Y, Watanabe M, Matsuda T, Yamamoto E, Matsuoka M.
Effective use of legacy data in a genome-wide association studies improves the credibility of quantitative trait loci detection in rice. Plant Physiol. 2023 Mar 17;191(3):1561-1573. doi: 10.1093/plphys/kiad018. PMID: 36652387; PMCID: PMC10022637.

Nukagawa Y, Wakinaka T, Mogi Y, Watanabe J.
Targeted Screening for Spontaneous Insertion Mutations in a Lactic Acid Bacterium, Tetragenococcus halophilus. Appl Environ Microbiol. 2023 Feb 21:e0200522. doi: 10.1128/aem.02005-22.

Yamamoto E, Yabe S, Inari-Ikeda M, Yoshida H, Morinaka Y, Matsuoka M and Kitano H.
Independent control of organ number and distribution pattern in rice panicle.
Front. Plant Sci. 2023 Feb 7:14:1119770. doi: 10.3389/fpls.2023.1119770

Kanai M, Mizunuma M, Fujii T, Lefuji H.
Importance and mechanisms of S-adenosylmethionine and folate accumulation in sake yeast.
FEMS Yeast Res. 2023 Feb 1:foad004. doi: 10.1093/femsyr/foad004.

Suganami M, Kojima S, Wang F, Yoshida H, Miura K, Morinaka Y, Watanabe M, Matsuda T, Yamamoto E, Matsuoka M.
Effective use of legacy data in a genome-wide association studies improves the credibility of quantitative trait loci detection in rice.
Plant Physiol. 2023 Jan 18:kiad018. doi: 10.1093/plphys/kiad018.

プレスリリース（Press release）

古代米でどぶろく、みそ造り 福島大発酵醸造研究所 「白早生」 を収穫
12/5(火) 9:47　福島民報電子版／YAHOOニュース

福島大学食農学類発酵醸造研究所 純米吟醸酒「壱」販売開始　浪江の酒造店醸造
2023年4月13日　福島民報
寒冷地向け酒米開発　福島大の発酵醸造研究所：まずは山田錦の系統で　ゲノム活用も計画
2023年5月2日 1:49　日本経済新聞、同電子版

2022

Yoshida H, Matsuoka M.
Two bHLH transcription factors affect sprouting by regulating the level of ABA.
Nat Genet. 2022 Dec;54(12):1772-1773. doi: 10.1038/s41588-022-01238-1.

Yoshida H, Hirano K, Yano K, Wang F, Mori M, Kawamura M, Koketsu E, Hattori M, Ordonio RL, Huang P, Yamamoto E, Matsuoka M.
Genome-wide association study identifies a gene responsible for temperature-dependent rice germination.
Nat Commun. 2022 Sep 29;13(1):5665. doi: 10.1038/s41467-022-33318-5.

Akamatsu F, Fujii T, Igi Y, Fujita A, Yamada O, Isogai A.
Different carbon stable isotopic compositions of CO2 in sparkling sake using natural and exogenous carbonation methods.
J Food Compos Anal. 109, 104474. doi: 10.1016/j.jfca.2022.104474

Wakinaka T, Matsutani M, Watanabe J, Mogi Y, Tokuoka M, Ohnishi A.
Ribitol-Containing Wall Teichoic Acid of Tetragenococcus halophilus Is Targeted by Bacteriophage phiWJ7 as a Binding Receptor.

Microbiol Spectr. 2022 Apr 27;10(2):e0033622. doi: 10.1128/spectrum.00336-22.

Wang F, Yoshida H, Matsuoka M.
Making the 'Green Revolution' Truly Green: Improving Crop Nitrogen Use Efficiency.
Plant Cell Physiol. 2021 Sep 30;62(6):942-947. doi: 10.1093/pcp/pcab051.

稲の発芽促す遺伝子解明 福島大研究グループ、新品種開発に期待
11/3(木) 13:23　福島民友新聞／YAHOOニュース